Ông sinh tại Buenos Aires, và là một giáo viên phổ thông trước khi tham gia chính trị. Năm 1882, ông trở thành một hội viên Tam Điểm.[2] Năm 1891, ông đồng sáng lập Liên minh Công dân Cấp tiến (Unión Cívica Radical) cùng với chú là Leandro Alem. Yrigoyen (ông viết như vậy để phân biệt bản thân với tư tưởng chính trị của Bernardo de Irigoyen) được biết đến phổ biến với tên "el peludo" (tatu có tóc) do cá tính hướng nội và không muốn bị trông thấy tại nơi công cộng. Sau khi Leandro Alem tự sát vào năm 1896, Hipólito Yrigoyen đảm nhận người thủ lĩnh duy nhất của Liên minh Công dân Cấp tiến. Phái này thông qua một chính sách không khoan nhượng, có quan điểm phản đối hoàn toàn chế độ. Chế độ đương thời được thiết lập nhờ gian lận bầu cử, điều này là một cách thức được thỏa thuận giữa các chính đảng đương thời nhằm luân phiên nắm quyền lực.

Liên minh Công dân Cấp tiến tiến hành chiến đấu vào năm 1893 và tiếp tục vào năm 1905. Tuy nhiên, sau đó Yrigoyen theo một chính sách bất bạo động, theo đuổi chiến lược tẩy chay bầu cử, tổng tẩy chay kéo dài cho đến năm 1912, khi Tổng thống Roque Sáenz Peña buộc phải chấp thuận thông qua luật Sáenz Peña, theo đó cấp quyền bỏ phiếu cho nam giới một cách riêng tư, phổ thông, và cưỡng bách.